Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
TRIM56Q9BRZ2 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms