Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SCN9AQ15858 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
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