Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIG1P18858 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIG1P18858 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms