Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms