Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 ADI1P3-201ENST00000549509 470 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC018557.2-201ENST00000565082 536 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH5O43196 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 MTND4P26-201ENST00000415971 1359 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 OR5K4-201ENST00000354924 966 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LINC2194-201ENST00000567127 454 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC242628.1-201ENST00000606810 391 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 C8orf59-210ENST00000614462 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC112694.2-201ENST00000623697 768 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AP001962.1-201ENST00000624114 559 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH5O43196 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LINC01194-202ENST00000505877 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 GLYAT-201ENST00000278400 1150 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 RNU6-673P-201ENST00000365084 104 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 snosnR66.1-201ENST00000391095 99 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC004231.1-201ENST00000418393 815 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AL133216.1-201ENST00000428915 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 POLR2H-202ENST00000429568 878 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC013402.3-201ENST00000438566 451 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LINC00535-204ENST00000520513 305 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC135178.4-201ENST00000585275 548 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 DUXAP3-201ENST00000603616 594 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AF230666.1-202ENST00000608375 870 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AP001033.2-201ENST00000609701 1003 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 LGI1-209ENST00000627699 664 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH5O43196 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms