Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 BMS1P17-203ENST00000444357 552 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 BMS1P22-203ENST00000609679 552 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC9Q9Y3X0 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms