Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
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