Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SHMT2P34897 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms