Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXC4P09017 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms