Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
LIMCH1Q9UPQ0 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms