Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms