Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CHMP3Q9Y3E7 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms