Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LIMD1Q9UGP4 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms