Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NWD2-201ENST00000309447 8325 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
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