Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 MPRIPP1-201ENST00000452433 1089 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
COL6A1P12109 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms