Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TCOF1Q13428 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
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