Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
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