Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
KLHL28Q9NXS3 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms