Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.1
USP53Q70EK8 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP53Q70EK8 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms