Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PRKY-203ENST00000528056 7218 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
PDLIM3Q53GG5 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
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