Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
DKK3Q9UBP4 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
DKK3Q9UBP4 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms