Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TCOF1Q13428 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TCOF1Q13428 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
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