Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms