Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS28Q9UK41 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS28Q9UK41 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS28Q9UK41 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms