Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SF3A1Q15459 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SF3A1Q15459 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SF3A1Q15459 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SF3A1Q15459 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms