Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMS1P48059 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMS1P48059 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.6 ms