Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT1P34896 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHMT1P34896 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHMT1P34896 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms