Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXD9P28356 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD9P28356 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXD9P28356 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD9P28356 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms