Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SEC16A-202ENST00000290037 8982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms