Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
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CHD3Q12873 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
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CHD3Q12873 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
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CHD3Q12873 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
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CHD3Q12873 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CHD3Q12873 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
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