Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LIM2P55344 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
LIM2P55344 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LIM2P55344 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIM2P55344 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms