Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
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ZNF540Q8NDQ6 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
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ZNF540Q8NDQ6 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
ZNF540Q8NDQ6 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
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