Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ZKSCAN2-201ENST00000328086 7523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
PDLIM3Q53GG5 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
PDLIM3Q53GG5 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms