Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CHD9Q3L8U1 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms