Protein–RNA interactions for Protein: Q12829

RAB40B, Ras-related protein Rab-40B, humanhuman

Predictions only

Length 278 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB40BQ12829 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
RAB40BQ12829 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
RAB40BQ12829 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms