Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 KLF4-201ENST00000374672 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LINC00841-201ENST00000451929 2126 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms