Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP53Q70EK8 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms