Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LHX3Q9UBR4 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59 ms