Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCDC87Q9NVE4 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC87Q9NVE4 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms