Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC3Q9BQI4 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms