Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CUX1P39880 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CUX1P39880 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms