Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HOXD4P09016 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms