Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SDC1P18827 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms