Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms