Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TCOF1Q13428 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
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