Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC112Q8NEF3 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms