Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CCDC144NL-AS1-202ENST00000423473 839 ntTSL 5 BASIC10.06□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CASP8-201ENST00000264274 2540 ntTSL 5 BASIC10.05□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-206ENST00000415148 2369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.05□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PILRA-204ENST00000432297 664 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.05□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MIA3-202ENST00000344507 2026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.05□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FNDC3A-201ENST00000378383 2037 ntTSL 2 BASIC10.05□□□□□ -0.83e-7■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABI1-205ENST00000376139 3516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.04□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-230ENST00000638702 2140 ntTSL 5 BASIC10.03□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-215ENST00000479495 577 ntTSL 410.03□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK1-203ENST00000367857 2414 ntTSL 1 (best) BASIC9.99□□□□□ -0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-224ENST00000617949 705 ntTSL 2 BASIC9.98□□□□□ -0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLT1-206ENST00000615611 1476 ntTSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-202ENST00000413421 826 ntTSL 3 BASIC9.96□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATXN7L1-201ENST00000318724 1470 ntTSL 1 (best) BASIC9.95□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP3B1-201ENST00000255194 5838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.92□□□□□ -0.821e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF213-217ENST00000573919 899 ntTSL 39.92□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BANF1-206ENST00000528648 362 ntTSL 39.92□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPGR-201ENST00000318842 3108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCK-220ENST00000515705 592 ntTSL 59.9□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-226ENST00000638276 1865 ntTSL 5 BASIC9.9□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF726-201ENST00000322487 2330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.9□□□□□ -0.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABI1-208ENST00000376160 3515 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.89□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZSCAN25-202ENST00000334715 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATXN1L-201ENST00000427980 7886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-212ENST00000513487 546 ntTSL 49.87□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNPC3-201ENST00000423855 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.87□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC097382.1-201ENST00000441093 591 ntTSL 5 BASIC9.86□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-214ENST00000529689 4014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-234ENST00000639135 914 ntTSL 59.85□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VWA5A-204ENST00000449321 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.838e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRPK2-209ENST00000476117 703 ntTSL 29.83□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-203ENST00000401468 1269 ntTSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.841e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHURC1-205ENST00000551947 1521 ntTSL 29.83□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF620-201ENST00000314529 3291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-201ENST00000296595 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-274ENST00000640613 1525 ntTSL 59.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMCC1-201ENST00000393238 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM8-203ENST00000369572 737 ntTSL 59.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-220ENST00000518630 571 ntTSL 59.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZSCAN25-204ENST00000394152 4349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.82□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KALRN-203ENST00000354186 10586 ntAPPRIS ALT2 TSL 59.81□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATXN7L1-208ENST00000478915 1115 ntTSL 3 BASIC9.81□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC11A2-220ENST00000550061 652 ntTSL 39.8□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP4-202ENST00000351842 3222 ntTSL 1 (best) BASIC9.79□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CTNNA1-240ENST00000523912 545 ntTSL 49.79□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-203ENST00000525661 1125 ntTSL 29.78□□□□□ -0.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUB1-211ENST00000497987 861 ntTSL 29.77□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-273ENST00000640610 2730 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.77□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRI-209ENST00000489079 557 ntTSL 39.76□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NEDD4L-203ENST00000357895 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNE-206ENST00000543356 2576 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EDA-213ENST00000616899 4643 ntTSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEL1L-201ENST00000336735 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-237ENST00000639521 952 ntTSL 59.73□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOX4-212ENST00000613569 4711 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.72□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-206ENST00000520534 635 ntTSL 2 BASIC9.72□□□□□ -0.858e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT3-203ENST00000437750 1736 ntTSL 2 BASIC9.71□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
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SF3B1O75533 RP1-206ENST00000636932 3649 ntTSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TEX11-203ENST00000374333 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLT1-205ENST00000543394 1275 ntTSL 1 (best) BASIC9.68□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRD42-206ENST00000528722 954 ntTSL 1 (best) BASIC9.66□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-229ENST00000628450 995 ntTSL 59.66□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
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SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-225ENST00000626510 488 ntTSL 59.66□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID4A-201ENST00000348476 5562 ntTSL 5 BASIC9.66□□□□□ -0.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGF13-205ENST00000441825 1625 ntTSL 5 BASIC9.66□□□□□ -0.863e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RHPN2-201ENST00000254260 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.64□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-205ENST00000506536 2328 ntTSL 5 BASIC9.64□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-208ENST00000527025 777 ntTSL 59.63□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-251ENST00000503670 572 ntTSL 49.63□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KALRN-210ENST00000459915 2080 ntTSL 29.63□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-207ENST00000462856 989 ntTSL 59.62□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-250ENST00000640827 1596 ntTSL 59.62□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UTRN-203ENST00000367526 3220 ntTSL 5 BASIC9.59□□□□□ -0.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00511-210ENST00000580861 467 ntTSL 49.58□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RTFDC1-208ENST00000484084 657 ntTSL 59.58□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK1-201ENST00000237305 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLR3A-201ENST00000372371 6640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.55□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-206ENST00000453213 469 ntTSL 39.55□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEZ6L2-201ENST00000308713 3801 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.53□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-234ENST00000630350 797 ntTSL 59.53□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-203ENST00000415780 249 ntTSL 5 BASIC9.53□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCMH1-212ENST00000460215 447 ntTSL 39.53□□□□□ -0.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC008764.4-201ENST00000593962 468 ntTSL 29.52□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IPO9-202ENST00000456707 609 ntTSL 39.51□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MICB-204ENST00000538442 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.51□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SORBS1-201ENST00000277982 3517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.51□□□□□ -0.899e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPGR-202ENST00000339363 3686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.5□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-204ENST00000518784 586 ntTSL 2 BASIC9.5□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC105052.3-201ENST00000639209 1130 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF726-206ENST00000594466 2473 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP4-213ENST00000488520 1155 ntTSL 39.49□□□□□ -0.898e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATMIN-206ENST00000566488 5343 ntTSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC12-203ENST00000480180 590 ntTSL 39.43□□□□□ -0.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-229ENST00000627659 2393 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LVRN-210ENST00000515454 806 ntTSL 39.41□□□□□ -0.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-240ENST00000635292 574 ntTSL 49.39□□□□□ -0.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-227ENST00000523574 569 ntTSL 49.39□□□□□ -0.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PBRM1-208ENST00000410007 4905 ntTSL 1 (best) BASIC9.35□□□□□ -0.918e-6■■■■■ 107
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