Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP3Q9Y6I4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP3Q9Y6I4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP3Q9Y6I4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms