Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.51■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC87Q9NVE4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC87Q9NVE4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC87Q9NVE4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms