Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
RPUSD4Q96CM3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
RPUSD4Q96CM3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms